常用学术软件推荐
本文推荐的尽可能是免费软件，并尽可能体现“云存储”的概念，确保所有数据都能在不同的电脑上即时访问。
文件备份、同步与共享
现在我们的工作越来越依赖于电脑，很多人往往需要在多台电脑上工作，家里的和单位里的或学校里的。最通常的做法是使用移动存储设备（移动硬盘或者U盘）将文件拷来拷去。这种做法最大的弊端是很容易造成文件的版本错乱，每个电脑硬盘上以及移动设备上都是独立的文件，时间长了你就搞不清楚哪个是最新的版本。因此有的人索性就把文件仅仅保存在移动设备里，文件的编辑也直接在移动设备上进行，这样文件就没有其他的副本，避免了版本的混乱。然而这是最最危险的做法，一旦移动硬盘损坏或丢失，所有的数据就一同丢失了。数据丢失是令人无法承受的损失，因此把数据单独存放在移动设备上是绝对不可行的方案。为了避免这一危险，经常性的备份是必要的，然而这也非常麻烦，依然无法避免文件的版本错乱。
“云存储”是现在流行的文件备份、同步与共享的一体化解决方案。其主要思想就是通过软件随时监控电脑中指定目录下的文件改动，即时将文件的变动同步到网络上的服务器中。另一方面，只要个人电脑在开机状态，软件也即时把服务器上的文件变动更新到本地的个人电脑上。举个例子，你在家里的电脑上编辑了文档，你保存后新的文档就自动更新到服务器上。当你来到单位，电脑一打开服务器上的新文档就自动下载到硬盘里了。整个过程完全自动化实现，不需要人为干预。如果你要在其它电脑（比如机房里的公共电脑、教室或会议室讲台上的演示用电脑）上打开自己的文档，也只要到网上下载就行了，不需要携带移动存储设备。
目前提供云存储服务的网站很多，这里推荐的是 Dropbox，它提供2G的免费空间（通过邀请他人使用可以免费增加到10G），足够你存储日常的工作文档了。Dropbox 还保存文档的旧版本，文档做了改动在一定时间内还能恢复到之前的版本。Dropbox 还保存了被删除的文件，可以在时间内恢复误删的文件。另外，Dropbox 还能用于文件共享，你可以设定一个目录给指定的人访问。如果要进行小组协作，大家都把文件存储在同一个共享目录里就行了，不需要用电子邮件发 来发去。
办公软件
办公软件推荐使用OpenOffice.org。OpenOffice.org是一款类似于Microsoft Office的办公套件，但它是开源软件，可以免费使用。OpenOffice.org包含五个主要部件：Writer（文本处理，相当于Word）、Calc（电子表格，相当于Excel）、Impress（演示文稿，相当于Powerpoint）、Draw（作图）、Base（数据库，相当于Access）。相对于Microsoft Office来说，它少了邮件和个人信息管理软件（Outlook）以及笔记软件（Onenote），但是这两者我们有其它的替代方案。
在办公软件这块，微软的Office套件仍然是无可替代的。特别是其中的笔记软件OneNote，没有可以替代的免费软件。曾经想要推荐免费的OpenOffice.org，但是仔细斟酌之后还是推荐微软的Office。其实现在正版的Office也不贵，查到网上有149元的Office2010校园版，功能等同于专业版，可以说对学习者和研究者来说最重要的办公软件都在里面了。
对于有技术基础的，我推荐用 Mediawiki 来记笔记，用 Latex 来写工作文档。
PDF文档阅读
PDF文档阅读推荐使用PDF-XChange Viewer，这是一款免费软件。它提供了基本的评阅功能，可以在PDF文件内高亮文字或插入评论框，并能保存，这些是其它免费的PDF阅读器所不具备的。
邮件和个人信息管理
推荐使用Google提供的服务。邮件采用Gmail，它提供7G的免费空间，一般不会用完。因此没有必要把邮件下载到自己的电脑上，也就没有必要使用邮件客户端软件。日程安排使用Google Calendar，也没有必要使用专门的软件。使用在线服务的好处是在不同的电脑上可以随时访问同样的数据，免除了数据更新和同步的麻烦。
网络浏览
Firefox是目前最好的选择，下面的文献管理、笔记软件和网址收藏可通过插件整合于Firefox中。
文献管理
目前最好的文献管理软件是Firefox的插件Zotero。Zotero提供网络存储功能，文献数据库存储在网络上，可即时在不同的电脑上访问。Zotero作为Firefox的插件，它与浏览器紧密结合，这使得从网上导入文献数据时极为方便。新的版本还提供小组合作共享功能。
对于 Latex 用户来说，JabRef 似乎是无可替代的 Bibtex 数据库管理器。
笔记软件
Windows平台目前最好的笔记软件是微软的OneNote。使用之前要注意在选项里修改文件的默认存储位置，把它设置到 Dropbox 的文件夹下。
目前最流行的免费笔记软件是Evernote。它有独立的客户端软件，也有Firefox的插件。它的数据也是保存在网络上，免费账号有每月使用量的限制但是足够日常的使用了。Evernote的优点是用户可以直接在网上访问自己的笔记，也可以在网上进行添加、删除、修改等各种操作。
个人认为Evernote适合用来记录零碎的知识，如果要进行结构化的知识管理还是以OneNote为宜。
对于有技术基础的，我推荐用 Mediawiki 来记笔记。
网址收藏管理
当你在不同的电脑上工作时，网页收藏夹的同步变得非常重要，云存储仍然是最好的解决方案。这里推荐的是Xmarks，它有Firefox的插件，也有IE的插件，借助插件它能够自动同步浏览器的收藏夹（Firefox里叫书签）。
提供类似服务的还有delicious、diigo等，它们都有Firefox的插件。同时使用多个服务是必要的，比如我就用Xmarks收藏日常使用的网站，用delicious收藏专业类的网站，用diigo收藏各种网页。
其他
概念图制作软件推荐XMind。
统计分析软件推荐R。